一、總部管理系統
基本資料：包括字典表，商品管理，供應商管理，批發客戶管理等。
1、門店業務管理：零售連鎖企業對各零售店的管理，包括零售店的要貨配貨處理，零售店退貨和調撥業務處理。
2、采購管理：包括采購訂單管理，采購退貨處理，電子定單處理等。
3、批發銷售管理：包括銷售訂單處理，銷售退貨處理，應收帳款，發票管理。
4、財務管理：包括應付帳款管理，綜合查詢。
5、營銷管理：包括促銷管理，調價管理。
6、庫存控制管理：包括對各零售店庫存管理和控制。
7、業績考核管理：包括采購業績考核和門店業績考核。
8、會員管理：包括會員基本資料，會員消費查詢，會員信息處理。
9、GSP管理：包括供應商證照管理，首次經營企業管理，首次經營藥品管理，進口藥品及證照管理，商品檔案管理，不合格和退貨商品管理，滯銷和近效期商品管理。
10、盤點管理：包括對配送中心和各門店倉庫的盤點管理。
11、員工檔案管理：包括公司內部的員工管理和機構管理。
12、接口通訊管理：根據客戶需求提供與企業已有業務系統的數據接口通訊模塊，如金稅工程，社保系統等，實現各業務系統之間的數據共享。
13、日結通訊：包括日結數據處理，月結數據處理及轉帳，總部與配送中心，零售門店數據傳輸，數據備份。
二、物流配送信息管理系統
基本資料：包括區域資料、省份資料、城市資料、物流中心資料、作業班組資料、行車路線資料、倉間和倉儲位資料。
1、進貨作業：進貨作業處理正常。
入庫和客退作業。正常入庫作業，根據總部的入庫指示(預先通知或不通知)，將良品放置于良品庫,不良品放置于待處理區，每日入庫結束后打印入庫管制表反饋給總部。如果須接貨，還應包括從第三地將商品運送到物流中心的過程。客退作業包括兩種：直接退貨和銷售退貨，系統對這兩種退貨方式作出不同的管理。
2、出貨作業：依據總部的出貨指示(出貨通知單)的要求，再經物流中心確認、配車、揀貨、出貨后，庫存量相應減少，出貨后，還應輸入回單資料及拒收原因，完成后打印配送管制表，以告知總部每日配送完成情況。
3、存量管理：庫存管理包括對存量的調整、盤點作業、移倉、溫濕度記錄以及庫存查詢和異動查詢。
4、調撥作業：依總部指示，將貨物從一物流倉庫調撥到他處物流倉庫。
5、流通加工：流通加工主要對商品進行改包裝、貼標牌、組裝(BOM表)處理等，將來會成為第三方物流的重要利潤來源之一。本模塊為獨立模塊，有一套完整的作業流程和數據處理過程。
6、車輛管理：車輛管理的目的在于控制車輛運行費用，大限度提高運能。
7、GSP管理：包括商品養護管理，商品進出驗貨管理，倉庫溫濕度記錄管理，商品批號跟蹤。
三、連鎖門店管理系統
基本資料：括收銀員資料，柜組資料，柜組商品資料，中藥飲片加工資料，藥品拆零資料，配伍禁忌資料等。
1、門店業務：包括門店請貨單，退貨申請單，調撥單，門店報損單等。
2、庫存管理：包括門店庫存的盤點，庫存調整，批號調整，中藥飲片加工，藥品拆零等。
3、GSP管理：進貨驗收管理，商品拆零記錄，飲片裝斗記錄，藥品養護記錄，藥品退庫記錄，特殊藥品驗收記錄，處方審核記錄等。